- 有機物質分子可能在管柱填充物的表面堆積，而減緩樣品/溶劑分子和固定相結合處的結合速度。這可能造成圖譜上訊號的大幅平移問題，破壞圖譜解析度，甚至減低管柱的使用壽命。
- 配製沖提液 (elution buffer) 的水中所含的有機物污染分子可能與樣品分子競爭，而與層析管柱填充物的活性基團結合。結果將導致在樣品注射及結合步驟時僅有較少的樣品會結合在管柱填充物上，進而使得在沖提步驟被沖提出來的樣品分子亦會減少。因此，若配製層析法溶液的水中含有有機污染物，此分析性層析法的靈敏度便會降低。
- 有機物質可能會在管柱的上端堆積，隨後被沖提成污染峯。
- 若有機污染物質的含量很高，此污染物質可能甚至會變成一個新的固定相，導致滯留時間 (retention time) 的平移及訊號峯的拖尾 (tailing)。有機污染物質在管柱中的堆積亦可能造成背壓的增高。
綜合以上原因，精確測量HPLC用水中的有機物質含量就顯得相當重要了。此測量可藉由線上TOC (total organic carbon)偵測器很簡易地達成。
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